Es funktionieren mit PHP-Parser lediglich einfache PHP-Scripte in Zope. Weil die Scripte an den externen PHP-Parser weitergereicht werden, der keine Verbindung zur ZODB hat, scheitert auch schon ein einfacher include()-Befehl, der eine andere PHP-Datei innerhalb der ZODB einbinden möchte.
Eine Möglichkeit komplexere PHP-Scripte laufen zu lassen, ist die, alle PHP-Dateien extern von Zope abzulegen und nur die vom Web-Browser aufzurufenden Dateien in Zope zu hinterlegen. Mit Hilfe eines geeigneten include()-Befehls lassen sich dann die weiteren benötigten PHP-Dateien mit einbinden. In der Regel erfordert dies aber eine umfassende Überarbeitung von PHP-Scripten, falls diese nicht flexibel genug verfasst worden sind (variable Include-Startpfad, usw.).